陈士林教授专注于传统中医药质量与鉴定研究工作。他奠定《本草基因组学》学科基础,创建了基于ITS2、psbA-trnH和COI的中药材DNA条形码鉴定技术体系,从基因层面解决长久以来中草药物种真伪鉴定的难题;完成灵芝和人参等多种中药全基因图谱绘制及相关组学研究,成功培育并获批8个中药材新品种证书;构建了无公害中药材精细栽培体系,减少在栽培过程中使用的肥料或农药,使人类健康得到保护,免受化学毒性的危害。 2021年,「全球药典草药基因组数据库」在陈士林教授的领导下完成,为世界各地的中草药的基因研究专家提供重要支持。
陈教授发表了500多篇学术著作,刊登于《科学》、《自然通讯》、《分子植物》、《美国国家科学院院刊》等国际知名学术期刊,论文被引用2.5万余次,H指数73(Google Scholar),自2014年起连续6年获入选Elsevier发布的高被引中国学者榜单。陈士林教授获授予3项国家科技进步二等奖、吴阶平医药创新奖和世界中医药学会联合会2018年中医药国际贡献奖(科技进步奖)一等奖。