中醫藥學院院長由三位分別主理教與學、研究和國際合作事務的副院長協助，領導學院各方面的工作，從而實現學院的願景和使命，並落實大學的策略發展目標。
教學科研部致力提供優質的中醫藥教育，並開展具影響力的研究。部門負責管理的兩個本科課程（中醫學學士及生物醫學理學士（榮譽）學位課程和中藥學學士（榮譽）學位課程）多年來培育出無數中醫藥專才，對市民的健康和中醫藥的整體發展貢獻良多。部門的學者、研究人員和研究生除屢在國際科學期刊發表論文外，更奪多項發明專利，成績驕人。
由臨床部負責營運的浸大中醫診所網絡目前共設16間診所和一間全港首創的疾病預防與健康管理中心。部門的醫療團隊不僅竭力滿足市民的殷切需求，提供安全有效的中醫診療服務，更積極展開臨床研究以推行循證醫學，同時為學生提供臨床訓練，並參與公共健康教育和外展服務。
持續及專業教育部致力為本地及海外的中醫師和相關醫護人員提供持續專業培訓課程。部門統籌的各個修課式研究生課程和副學位課程旨在向學生傳授最新知識和實用技能，以迎合業界日新月異的需求。教學團隊不僅具備豐富的臨床經驗和研究專長，更充分利用學院在本港設立的實習基地，助學生增進專業技能，拓闊視野，並培育他們終身學習的志向。
技術開發部是學院與業界之間的橋樑，致力推動、管理並支援學院的知識轉移活動，以應對轉化科學技術發展的急切需求。部門致力通過合同研究、聯合研究平台和實驗室等形式，與本地、內地及海外的企業和學術機構建立策略合作夥伴關係，從而加強學院的轉化研究能力。
秘書處負責學院的行政事宜，支援學院的整體管理工作和各個學院層面的委員會，包括諮詢委員會、院務委員會、管理委員會、教職員評審小組等。
